وكيل الوزارة ويتبعه الوحدات التالية:
- مكتب الوكيل
- الإدارة العامة لمدارس ومعاهد تعليم السياقة
- الإدارة العامة للطرق والمشاريع
- وحدة العلاقات العامة والتعاون الدولي
- وحدة الحاسوب وتكنولوجيا المعلومات
- وحدة الشؤون القانونية
- وحدة الرقابة الداخلية
- وحدة الموانئ البحرية
قطاع سلطة الترخيص ويتبعه الإدارات التالية:
- الإدارة العامة للترخيص
- الإدارة العامة للنقل والمهن التخصصية
- وحدة النقل الحكومي
قطاع الشؤون الإدارية والمالية والفنية ويتبعه الإدارات التالية:
- الإدارة العامة للشؤون الإدارية والمالية
- الإدارة العامة للهندسة والسلامة المرورية
- الإدارة العامة للشؤون الفنية
- وحدة التخطيط وتطوير الأداء المؤسسي