وكيل الوزارة ويتبعه الوحدات التالية:
مكتب الوكيل
الإدارة العامة لمدارس ومعاهد تعليم السياقة
الإدارة العامة للطرق والمشاريع
وحدة العلاقات العامة والتعاون الدولي
وحدة الحاسوب وتكنولوجيا المعلومات
وحدة الشؤون القانونية
وحدة الرقابة الداخلية
وحدة الموانئ البحرية
قطاع سلطة الترخيص ويتبعه الإدارات التالية:
الإدارة العامة للترخيص
الإدارة العامة للنقل والمهن التخصصية
وحدة النقل الحكومي
قطاع الشؤون الإدارية والمالية والفنية ويتبعه الإدارات التالية:
الإدارة العامة للشؤون الإدارية والمالية
الإدارة العامة للهندسة والسلامة المرورية
الإدارة العامة للشؤون الفنية
وحدة التخطيط وتطوير الأداء المؤسسي
